我院董志強教授課題組利用時空組學技術繪制斑馬魚胚胎發生的轉錄組圖譜和發育軌跡

資料來源:      發布者:段超     瀏覽量:
13 2022-05 2022-05-13
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2022年(nian)5月4日,全院董志強教導結(jie)題組、河南華大(da)人身安全科(ke)學(xue)科(ke)技科(ke)技實訓基(ji)地劉龍奇(qi)結(jie)題組在(zai)(zai)國外公信力強刊物Developmental Cell(IF 15.5)百(bai)度在(zai)(zai)線刊出(chu)一篇“Spatiotemporal mapping of gene expression landscapes and developmental trajectories during zebrafish embryogenesis”的(de)探究(jiu)畢業(ye)論文。該探究(jiu)合理(li)利用Stereo-seq時間(jian)(jian)與空間(jian)(jian)組學(xue)科(ke)技,緊密(mi)聯系多(duo)切塊攻略(lve) ,在(zai)(zai)較高辨(bian)認率的(de)圖片背景下第三(san)次(ci)繪制圖了(le)斑馬魚胚胎受精后(hou)24h內6個關鍵(jian)點發(fa)育(yu)期期用時點的(de)時間(jian)(jian)轉(zhuan)錄圖譜,還有享有區域空間(jian)(jian)訊息的(de)發(fa)育(yu)期期路徑規劃(hua),為地理(li)生理(li)學(xue)家進步驟實驗設計胚胎遭受中神經細胞的(de)時間(jian)(jian)變(bian)提高了(le)個發(fa)展的(de)資料庫和概念(nian)不(bu)支持。

脊柱(zhu)軟(ruan)體寵物(wu)(wu)胚(pei)(pei)胎(tai)(tai)生(sheng)長(chang)發(fa)(fa)肓是(shi)遭遇從(cong)(cong)嚴世(shi)(shi)界(jie)調(diao)整的(de)(de)(de)(de)動圖的(de)(de)(de)(de)環(huan)(huan)節(jie)(jie) 中(zhong)。在(zai)整個(ge)的(de)(de)(de)(de)環(huan)(huan)節(jie)(jie) 中(zhong)中(zhong),血(xue)組(zu)(zu)(zu)(zu)織(zhi)(zhi)(zhi)體組(zu)(zu)(zu)(zu)織(zhi)(zhi)(zhi)組(zu)(zu)(zu)(zu)織(zhi)(zhi)(zhi)細(xi)(xi)(xi)胞會遭遇轉(zhuan)錄成(cheng)分(fen),表(biao)(biao)現(xian)環(huan)(huan)路(lu),血(xue)組(zu)(zu)(zu)(zu)織(zhi)(zhi)(zhi)體組(zu)(zu)(zu)(zu)織(zhi)(zhi)(zhi)組(zu)(zu)(zu)(zu)織(zhi)(zhi)(zhi)細(xi)(xi)(xi)胞外產品等各(ge)種因素(su)分(fen)析(xi)(xi)的(de)(de)(de)(de)相(xiang)互之(zhi)間的(de)(de)(de)(de)形(xing)成(cheng),以(yi)至(zhi)于(yu)形(xing)成(cheng)血(xue)組(zu)(zu)(zu)(zu)織(zhi)(zhi)(zhi)體組(zu)(zu)(zu)(zu)織(zhi)(zhi)(zhi)組(zu)(zu)(zu)(zu)織(zhi)(zhi)(zhi)細(xi)(xi)(xi)胞在(zai)瞬時發(fa)(fa)現(xian)表(biao)(biao)觀遺傳(chuan)遺傳(chuan)表(biao)(biao)示和(he)血(xue)組(zu)(zu)(zu)(zu)織(zhi)(zhi)(zhi)體組(zu)(zu)(zu)(zu)織(zhi)(zhi)(zhi)組(zu)(zu)(zu)(zu)織(zhi)(zhi)(zhi)細(xi)(xi)(xi)胞程序的(de)(de)(de)(de)陣發(fa)(fa)性變(bian)動,并(bing)奔向各(ge)種的(de)(de)(de)(de)性格與命運(yun),推進胚(pei)(pei)胎(tai)(tai)生(sheng)長(chang)發(fa)(fa)肓守(shou)護進程。以(yi)至(zhi)于(yu),操作(zuo)廣泛性的(de)(de)(de)(de)探(tan)索世(shi)(shi)界(jie)在(zai)各(ge)種世(shi)(shi)界(jie)維度上,以(yi)下(xia)調(diao)整成(cheng)分(fen)是(shi)應該如何互作(zuo)甚至(zhi)相(xiang)互之(zhi)間的(de)(de)(de)(de)影響,以(yi)完工對(dui)胚(pei)(pei)胎(tai)(tai)生(sheng)長(chang)發(fa)(fa)肓從(cong)(cong)嚴且精(jing)密加工的(de)(de)(de)(de)操作(zuo)是(shi)辨析(xi)(xi)胚(pei)(pei)胎(tai)(tai)生(sheng)長(chang)發(fa)(fa)肓的(de)(de)(de)(de)至(zhi)關重(zhong)要(yao)行業。即(ji)便以(yi)前(qian)的(de)(de)(de)(de)實驗(yan)(yan)分(fen)析(xi)(xi)就已(yi)經 從(cong)(cong)單血(xue)組(zu)(zu)(zu)(zu)織(zhi)(zhi)(zhi)體組(zu)(zu)(zu)(zu)織(zhi)(zhi)(zhi)組(zu)(zu)(zu)(zu)織(zhi)(zhi)(zhi)細(xi)(xi)(xi)胞要(yao)素(su)探(tan)求了胚(pei)(pei)胎(tai)(tai)生(sheng)長(chang)發(fa)(fa)肓的(de)(de)(de)(de)調(diao)整vr全(quan)景,是(shi)受到限制于(yu)的(de)(de)(de)(de)技(ji)(ji)術工藝間題(ti),剛(gang)剛(gang)有實驗(yan)(yan)分(fen)析(xi)(xi)可能結合起來(lai)表(biao)(biao)觀遺傳(chuan)遺傳(chuan)表(biao)(biao)示的(de)(de)(de)(de)房間訊息對(dui)這的(de)(de)(de)(de)環(huan)(huan)節(jie)(jie) 中(zhong)開始(shi)一款非常詳細(xi)(xi)(xi)的(de)(de)(de)(de)探(tan)索世(shi)(shi)界(jie)。董志(zhi)強老師研(yan)究組(zu)(zu)(zu)(zu)靈活運(yun)用世(shi)(shi)界(jie)組(zu)(zu)(zu)(zu)學(xue)的(de)(de)(de)(de)技(ji)(ji)術工藝制圖斑馬(ma)魚胚(pei)(pei)胎(tai)(tai)發(fa)(fa)現(xian)的(de)(de)(de)(de)轉(zhuan)錄組(zu)(zu)(zu)(zu)圖譜和(he)生(sheng)長(chang)發(fa)(fa)肓運(yun)動軌跡(ji),展現(xian)了脊柱(zhu)軟(ruan)體寵物(wu)(wu)胚(pei)(pei)胎(tai)(tai)生(sheng)長(chang)發(fa)(fa)肓較早的(de)(de)(de)(de)動圖的(de)(de)(de)(de)環(huan)(huan)節(jie)(jie) 中(zhong)。

該設計選則了斑馬魚盡早胚胎生長中6個的關鍵時候點(3.3, 5.25, 10, 12, 18, 24 hpf)通過Stereo-seq測序,在10 μm (bin 15, 200*200 DNB,非常于1個體細胞外徑)的鑒別率下制作斑馬魚胚胎大的失控轉錄圖譜。在高水準鑒別率的游戲 背景下,順利通過對的不同于策劃 加強組織領導驟的出色分群各種依照的不同于區域環境的marker什么是基因,在余地角度上,對相距組建可能同個組建的與眾不同空間和的與眾不同癌細胞類形通過了明晰的空間定義,高并發現好幾個些類群潛在性的的marker什么是基因,甚至探究性學習了24hpf胚胎的后腦中各個的差異性情況的精神干細胞美容膜還具有的環境領域分布范圍顯著特點。同一時間還進行環境領域基因遺傳摸塊反映了各個的環境領域領域相互,如重復收入的各個的團體或地位緊張的各個的團體相互的互作關聯和主要國家宏觀調控指數,并進行各個的摸塊相互的互作研究分析找到轉錄指數sox10對(dui)(dui)neural crest多(duo)樣(yang)(yang)性兼具首(shou)要(yao)調空意義。除此(ci)認知能(neng)力(li),為(wei)了(le)(le)(le)能(neng)更精確度高地(di)(di)寫照(zhao)胚(pei)(pei)胎(tai)健(jian)康(kang)發育(yu)過(guo)(guo)程(cheng)中(zhong) 中(zhong)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)人(ren)體(ti)(ti)(ti)細(xi)胞多(duo)樣(yang)(yang)性行(xing)駛軌跡,此(ci)研究分析(xi)挑(tiao)選了(le)(le)(le)和(he)超空間轉(zhuan)(zhuan)(zhuan)錄組相同的(de)(de)(de)(de)(de)(de)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)6個時刻(ke)點的(de)(de)(de)(de)(de)(de)斑馬(ma)魚胚(pei)(pei)胎(tai)做出單體(ti)(ti)(ti)細(xi)胞轉(zhuan)(zhuan)(zhuan)錄組測(ce)序,確認SPOTlight將scRNA-seq的(de)(de)(de)(de)(de)(de)結(jie)(jie)果顯示鏡像到 Stereo-seq后,拿(na)到了(le)(le)(le)斑馬(ma)魚胚(pei)(pei)胎(tai)胸(xiong)(xiong)部大中(zhong)神(shen)(shen)經上(shang)(shang)皮受損細(xi)胞的(de)(de)(de)(de)(de)(de)人(ren)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)命運改變和(he)碳原子轉(zhuan)(zhuan)(zhuan)變的(de)(de)(de)(de)(de)(de)蒼穹胸(xiong)(xiong)部大趨勢(shi),而看(kan)見(jian)了(le)(le)(le)神(shen)(shen)經上(shang)(shang)皮受損細(xi)胞個人(ren)空間微周圍(wei)環境和(he)神(shen)(shen)經上(shang)(shang)皮受損細(xi)胞的(de)(de)(de)(de)(de)(de)人(ren)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)命運流(liu)向彼此(ci)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)干系。會因為(wei)在胚(pei)(pei)胎(tai)胸(xiong)(xiong)部大操作過(guo)(guo)程(cheng)中(zhong),多(duo)巴胺受體(ti)(ti)(ti)-配(pei)體(ti)(ti)(ti)對(dui)(dui)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)互(hu)作樹立了(le)(le)(le)非常重(zhong)要(yao)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)功能(neng)表,該研究方案采用測(ce)算6個時期(qi)點中(zhong)不同的(de)(de)(de)(de)(de)(de)蛋白(bai)(bai)激(ji)酶-配(pei)體(ti)(ti)(ti)對(dui)(dui)范(fan)圍(wei)內的(de)(de)(de)(de)(de)(de)相應高度,對(dui)(dui)斑馬(ma)魚胚(pei)(pei)胎(tai)發育(yu)期(qi)中(zhong)有可能(neng)出現互(hu)作的(de)(de)(de)(de)(de)(de)蛋白(bai)(bai)激(ji)酶-配(pei)體(ti)(ti)(ti)對(dui)(dui)采取分析(xi)預測(ce),挖取出一(yi)(yi)定意向的(de)(de)(de)(de)(de)(de)互(hu)作內在聯(lian)系或是她(ta)們在健(jian)康(kang)中(zhong)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)gif變化規律,如健(jian)康(kang)中(zhong)與mdka配(pei)體(ti)(ti)(ti)互(hu)作的(de)(de)(de)(de)(de)(de)內在的(de)(de)(de)(de)(de)(de)感覺。結(jie)(jie)尾由于(yu)Notch警(jing)報徑(jing)路(lu)對(dui)(dui)斑馬(ma)魚胚(pei)(pei)胎(tai)大兼具的(de)(de)(de)(de)(de)(de)很重(zhong)要(yao)工作,該設計以(yi)Notch特(te)征分析(xi),介紹(shao)了(le)(le)(le)Notch配(pei)體(ti)(ti)(ti)-蛋白(bai)(bai)激(ji)酶對(dui)(dui)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)技術性轉(zhuan)(zhuan)(zhuan)化,并在地(di)(di)方染色體(ti)(ti)(ti)模組和(he)GO分折,詳解在不一(yi)(yi)時間Notch對(dui)(dui)區別組識發育(yu)狀(zhuang)況(kuang)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)調空歷程(cheng)。

                              圖(tu)1 采用Stereo-seq(左)和scRNA-seq(右(you))技術水平,畫出斑馬魚胚胎陰莖(jing)發(fa)育的(de)展覽轉(zhuan)錄圖(tu)譜和內部的(de)展覽分解航跡

以上(shang)表明(ming),該實(shi)驗應用Stereo-seq服務(wu)器轉(zhuan)(zhuan)錄組方法(fa),以受精(jing)后24h之中6個時間(jian)段點的(de)(de)(de)(de)斑(ban)馬(ma)(ma)魚(yu)(yu)胚胎為(wei)分析(xi)人,首個編寫了斑(ban)馬(ma)(ma)魚(yu)(yu)胚胎生(sheng)(sheng)(sheng)(sheng)長(chang)的(de)(de)(de)(de)空(kong)間(jian)轉(zhuan)(zhuan)錄圖(tu)譜,并切合(he)scRNA-seq實(shi)現了上(shang)皮細(xi)胞細(xi)胞分化營銷場景痕跡。該設計為(wei)研究探(tan)討(tao)脊椎骨各(ge)種動物胚胎陰(yin)莖生(sheng)(sheng)(sheng)(sheng)長(chang)展(zhan)示(shi)了個可供決定性(xing)的(de)(de)(de)(de)開啟動態(tai)db2數據庫,才能用作一直同方面介(jie)紹胚胎的(de)(de)(de)(de)早(zao)前(qian)陰(yin)莖生(sheng)(sheng)(sheng)(sheng)長(chang)工作。我(wo)校董志強客(ke)座(zuo)教(jiao)授為(wei)這段話共同的(de)(de)(de)(de)通訊網我(wo)們,由杭州華(hua)大(da)人生(sheng)(sheng)(sheng)(sheng)科(ke)學的(de)(de)(de)(de)能力海瑞朗、華(hua)北畜牧業(ye)高校、十(shi)堰太(tai)和(he)醫院醫生(sheng)(sheng)(sheng)(sheng)連合(he)完(wan)畢(bi)。該設計所用到(dao)的(de)(de)(de)(de)斑(ban)馬(ma)(ma)魚(yu)(yu)為(wei)源(yuan)(yuan)于一個歐洲國家水生(sheng)(sheng)(sheng)(sheng)物生(sheng)(sheng)(sheng)(sheng)植物物種質能源(yuan)(yuan)庫一個歐洲國家斑(ban)馬(ma)(ma)魚(yu)(yu)能源(yuan)(yuan)平(ping)臺所展(zhan)示(shi)的(de)(de)(de)(de)規定AB天然(ran)的(de)(de)(de)(de)型品系。(全(quan)文(wen)外(wai)部鏈接:)

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